研究所历来重视对青年科技人才的培养，组建了结构合理、动态优化和可持续发展的创新队伍，培育了海洋生物基因组、海洋生态系统关键过程与环境效应、海洋药物、深海环境与生命过程、应用海洋学等创新团队，创新队伍平均年龄 38.5 岁，其中具有博士学位达 48.6 ％，许多中青年科技骨干通过多年来的研究实践成长为著名科学家。 2001 年以来， 3 名科学家先后当选两院院士， 12 位科学家先后担任 863 资源环境领域专家委员会主任、 863 主题专家组成员、 “ 十一五 ” 规划评审专家、 973 项目首席科学家、国家新药评审委员会委员， 13 位年轻科学家先后获国家杰出青年基金资助， 6 位年轻科学家入选国家新世纪百千万人才工程，为我国海洋科学的发展做出了显著贡献。同时，还向国家海洋科技战线输送了大量杰出的科学研究和管理人才，包括国家级或部门的研究所（院）的所（院）长、重点实验室主任等。