建所以来，海洋所积极主动地开展对外合作，已经同美国、加拿大、法国、德国、意大利、俄罗斯、西班牙、英国、澳大利亚、挪威、日本、韩国、越南、新加坡等 20 多个国家学术交流与合作，与多个世界著名的海洋科研单位建立了长期友好的合作关系。与近 20 个国家和组织机构签订合作交流协议， 29 人次在重要国际学术组织中任职，平均每年派往国外 150 人参加学术会议、访问考察、合作研究；平均每年请进约 100 位国外专家到海洋所工作访问、参加国际会议和培训班。先后主持召开了第十一届国际海藻学术大会、第五届国际藻类学术大会、第四届亚洲海洋地质学大会、第五届亚太地区藻类生物技术大会， 全球联合海洋观测第八次会议等重要的国际会议， 近年来连续举办了由科技部委托的面向发展中国家的海洋生物技术应用国际培训班。主持和参加过中日东海物质通量合作研究、中美南黄海环流与沉积、中挪海洋生物病害防治、 TOGA-COARE 国际联合实验研究、中韩黄海联合调查研究、中日环境腐蚀与控制研究、欧盟第五框架合作研究等近 50 项国际合作研究项目。

　　通过国际合作和学术交流，取得大量可喜的成果，培养了大批的科技人才，促进了海洋所海洋科技事业的发展，提高了海洋所在国际上的地位。